Zur Verwendung des past perfect, das dem deutschen Plusquamperfekt entspricht, siehe http://www.franzoesisch-lehrbuch.de. Das past perfect continuous verhält sich zum past perfect, wie das present perfect continuous zum present perfect. Auch das past perfect continuous beschreibt, im Gegensatz zum past perfect, das abgeschlossene Handlungen in einer Vorvergangenheit beschreibt, andauernde Handlungen, die bis in die im simple past beschriebene Handlung andauert.

Beispiele
He had been repairing the car, when another car crashed into the house next door.
Er war gerade dabei das Auto zu reparieren, als ein anderes Auto ins Nachbarhaus krachte.
She had been looking into the sky for hours before she noticed that the moon was gone.
Sie hatte den Himmel für Stunden angesehen, bevor sie bemerkte, dass der Mond weg war.
We had been working in the garden, then the thunderstorm broke lose.
Wir hatten gerade im Garten gearbeitet, dann brach das Gewitter aus.
Before they knew that we had 12 children, they had been planning to stay with us.
Bevor sie wussten, dass wir 12 Kinder hatten, hatten sie eigentlich vor bei uns zu wohnen.
You had been calling him 10 times a day until he told you to stop it.
Du hast ihn jeden Tag zehn Mal angerufen bis er dir sagte, dass du es lassen sollst.

Ähnlich wie schon beim present perfect continuous, das wir mit dem Präsens und dem Adverb schon übersetzen können, können wir ein past perfect continuous oft mit dem Imperfekt und einem geeigneten Adverb übersetzen.

Übersetzung present perfect continuous

I have been working on it the whole day but it is not finished yet.
Ich arbeite schon den ganzen Tag daran, aber es ist noch nicht fertig.

Übersetzung past perfect continuous

I had been working on it the whole day, but it was not finished already.
Ich hatte schon den ganzen Tag daran gearbeitet, aber es war immer noch nicht fertig.

Das entscheidende Moment, das die Verwendung des past perfect continuous erzwingt, ist das Andauernde der Handlung. Man sollte sich klar machen, dass in Bezug auf das Andauern der Handlung bis auf das Auftreten der anderen Handlung das past perfect continuous in Konkurrenz zum simple past continuous steht.

a) When I entered the room, he looked sleepy, he had been sleeping.
=> Als ich den Raum betrat, schaute er schläfrig aus, er hatte geschlafen.

b) When I entered the room, he was sleeping.
=> Als ich den Raum betrat, schlief er.

Das past perfect continuous zeigt an, dass die Handlung, die in der Vergangenheit eingesetzt hat, bis zum Auftritt der zweiten Handlung andauert, dann aber beendet ist. Eine solche Situation haben wir in a). Bei b) dauert die Handlung an.